原始社会时期

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原巢湖市所辖的四县一区，皆历史悠久，是华夏文明的发祥地之一。

1973年，考古人员在和县西北善厚镇汪家山龙潭洞发现了一具猿人头盖骨化石、四颗猿人上臼齿化石、一段左下颌骨化石，同时发掘出少量骨器、灰烬等，据专家推断，该具化石距今约三、四十万年，属新生代第四纪中更新世地质时代，被命名为“和县猿人”。

1982年至1986年间，考古人员经3次发掘，在巢湖市居巢区南的银屏山银山村一块不完整的人类枕骨、一块附连３枚牙齿的左上颌骨及３枚零星牙齿，有关专家根据化石形态特征，判断属于早期智人，距今约16万至20万年，命名为“银山智人”。

1985年，考古人员在含山县铜闸镇凌家滩村发现一处新石器时代人类聚落文明遗址，遗址总面积约160万平方米，经测定距今约5300年至5600年，被称为“凌家滩遗址”

自1987年以来，经过4次考古发掘出土大批精美玉礼器、石器、陶器等，根据出土遗存推断，远古时期的凌家滩是一座繁华、热闹的城市，养殖业、畜牧业、手工业初步形成规模，既有大型宫殿、神庙等标志性建筑以及布局整齐的房屋、墓地，又有护城濠沟、手工作坊、集市和大批礼器。

历史记录时期

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早在秦时，已于今和县置历阳县。

北齐天保六年（555年），改历阳为和州。

隋开皇初，改潜县为庐江县。

唐武德六年（623年），以历阳县所属之旧龙亢县地置含山县。

唐武德七年（624年），改襄安为巢县。

北宋熙宁三年（1070年），再析巢县、庐江地置无为县。

后至清末，各县之称谓、境域、隶属关系虽常更迭，但其建置基本未变。

民国元年（1912年），上述5县均直属安徽省。

民国三十六年4月至三十八年1月，上述5县均属安徽省第九行政督察专员公署。

民国三十八年1月，成立江淮第五专员公署，辖含山、和县、江全、巢县、肥东、巢湖（为原肥东、巢县两县滨湖毗邻区域）6县。

民国三十八年6月，成立巢湖专员公署并撤销皖西专署及江淮五专署建置，辖巢县、无为县、庐江县、肥东县、肥西县、含山县、和县、三河市、巢湖水上公安局。

中共建政后，1950年至1965年，全省行政区域调整较大，期间巢湖、宣城两专员公署合并成立芜湖专员公署。

1965年5月，经国务院批复，巢湖专员公署于同年7月25日恢复，治巢县城关，辖巢县、无为县、庐江县、肥东县、和县、含山县6县。

1971年3月，巢湖专员公署改称巢湖地区行政公署。

1983年7月，肥东县划归合肥市。

1984年1月，巢县改为县级巢湖市，仍属巢湖地区行政公署管辖。

1999年7月，巢湖地区改为地级巢湖市，原县级巢湖市改为巢湖市居巢区。

2011年7月，国务院正式批复安徽省关于拆解巢湖市分别划归合肥市、芜湖市和马鞍山市的决定。