中华人民共和国国务院稱，當時只有六歲的男童更登確吉尼瑪只是普通小孩，為了避免其陷入政治鬥爭中，政府並於1995年5月17日將其從家中帶走「保護起來」（1996年中国政府稱）。据星岛环球网，对于尼玛的下落，中国政府向人权组织与西藏流亡分子严格保密。西藏流亡政府稱他是“世界上年紀最小的政治犯”，又呼籲國際社會關注；2006年中华人民共和国中央政府則稱他状况良好，家人只想過平靜生活。[12]

在西藏流亡政府所在地的達蘭薩拉，僧人們會特地在4月25日更登確吉尼瑪生日當天在佛寺裡替其舉行平安法會，西藏流亡政府也將這天定為官方紀念日。[3]

西藏自治區副主席尼瑪次仁在2007年7月28日曾強調，將更登確吉尼瑪稱為班禪是「不合法」的，同時強調更登確吉尼瑪目前已在西藏上高中，兄弟姐妹中既有學生亦有已工作的社會人士。中华人民共和国政府称其主持金瓶掣签仪式确定十一世班禅后，一直「注意保护其他候选灵童的隐私」，但「一些外国势力不断传播有关谣言」。称更登確吉尼瑪是「愛國的公民」，这名「灵童」本身就是一个「受害者」，目前「像普通人民一样生活，不希望外界打扰」。政府「無權干涉其生活，並尊重其意願」[19]。

2013年，藏人行政中央和西藏人民議會發布聯合聲明表示，5月17日是第十一世班禪更登確吉尼瑪被「秘密劫持」之日，因而將2013年5月17日定為「國際聲援西藏日」，以紀念因中华人民共和国政府“侵占西藏所導致非正常死亡的100多萬藏人”與2009年後“為爭取自由”而自焚的藏人。[20]

2018年4月，第十四世达赖喇嘛声明从“信源”得知更登確吉尼瑪仍健康生活，并接受正常的教育。另外，达赖喇嘛还提到一个僧侣拥有多个转世化身在藏传佛教内并非没有先例。然而达赖喇嘛本人和西藏流亡政府从未正式宣布承认獲中方承認之競逐者确吉杰布的班禅地位。[15]

2020年5月19日，中华人民共和国外交部发言人赵立坚在记者会上称，当年的男童（更登确吉尼玛）接受了免费义务教育，已经大学毕业，现在三十一岁，有一份工作，无论是他还是其家庭都不愿被打扰目前正常的生活。[21]